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C.I. BIOINFORMATICA- BIOINFORMATICA MODULO 1
MARCO BARUCCA

Sede Scienze
A.A. 2016/2017
Crediti 6
Ore 48
Periodo 1^ semestre
Lingua ITA
Codice U-gov SM04 5S346

Prerequisiti

Conoscenza dei concetti base di genetica e biologia molecolare.

 

Modalità di svolgimento del corso

Sono previste lezioni teoriche ed almeno 3 CFU di esercitazioni  pratiche in  laboratorio informatico (svolte a livello individuale o a piccoli gruppi).

Risultati di apprendimento attesi

Conoscenze. 
Lo scopo del corso di bioinformatica è di fornire un'introduzione alla conoscenza e all'uso di strumenti bioinformatici liberamente disponibili nel World Wide Web, per l'analisi di sequenze di acidi nucleici e proteine, e più in generale delle informazioni archiviate nelle banche dati biologiche.

Capacità di applicare le conoscenze:
Alla fine dello svolgimento dell’insegnamento lo studente sarà in grado di utilizzare le informazioni archiviate nelle banche dati biologiche e alcuni tra i più importanti strumenti bioinformatici di analisi per studi su sequenze nucleotidiche e proteiche.

Competenze trasversali
L’esecuzione di esercitazioni individuali che di gruppo in laboratorio informatico contribuiscono a migliorare nello studente sia il grado di autonomia sia la capacità comunicativa che deriva anche dal lavoro in gruppo.

Programma

Introduzione agli strumenti software per le applicazioni biologiche. Uso dei database biologici pubblici: banche dati primarie e specializzate, sistemi di archiviazione e interrogazione. Allineamento locale, globale, e multiallineamento tra due o più sequenze di acidi nucleici e proteine. Misura del grado di similarità tra sequenze. Ricerca di similarità nelle banche di biosequenze. Ricerca di pattern e o motivi funzionali.  Disegno di primers. Gene prediction. Biosequenze e codici informazionali. Filogenesi ed evoluzione molecolare.

Modalità di svolgimento dell'esame

Metodi di valutazione dell’apprendimento
Esame orale congiunto per i moduli I e II, con iscrizione all’esame nella propria area riservata.

Criteri di valutazione dell’apprendimento
La valutazione dell’apprendimento consisterà nella valutazione di una relazione scritta dallo studente e relativa all'analisi di una proteina mediante gli strumenti informatici a disposizione nel Web ed in una prova orale, volta a valutare la capacità di utilizzare gli strumenti informatici avanzati (banche dati, pacchetti software) a disposizione nel Web per la genetica e la biologia.

Criteri di misurazione dell’apprendimento
Il voto finale è attribuito sulla base della completezza e adeguatezza della relazione scritta (insufficiente, sufficiente, buona, molto buona) e del colloquio orale, che si svolge attraverso quesiti a difficoltà bassa, media ed alta.

Criteri di attribuzione del voto finale
Il voto finale viene attribuito in base ai seguenti 4 indicatori:
1. qualità della relazione scritta (adesione alla tipologia testuale richiesta, ricchezza di informazioni pertinenti, ampiezza dei commenti), 
2. piena comprensione di tutto il materiale riportato nella relazione,
3. capacità di saper interrogare banche dati genetiche e biologiche e di saper utilizzare il software relativo, 
4. capacità di fornire risposte che dimostrino padronanza della materia con chiarezza espositiva e con una terminologia tecnico-scientifica pertinente. 
Si noti che verrà anche valutata la capacità dello studente di collegare gli argomenti svolti durante il corso tra loro e con argomenti di altri insegnamenti già acquisiti dallo studente.

Testi consigliati

Materiale fornito dal docente durante le lezioni.
S. Pascarella e A. Paiardini, Bioinformatica, Zanichelli, Bologna.
DE. Krane e ML Raymer, Fondamenti di Bioinformatica, Pearson
A.M. Lesk, Introduzione alla Bioinformatica, McGraw-Hill Companies
D.W. Mount, Bioinformatics: sequence and genome analysis, Cold Spring Harbor Lab. Press.
C. Gibas, and P. Jambeck, Developing bioinformatics computer skills, O´Reilly, Cambridge

Corsi di laurea

• Biologia molecolare e applicata